La Junta de Gobierno del Colegiode Médicos y Cirujanos, se crea partiendo del artículo N^o 13 de la Ley Orgánica del Colegio. Según este artículo, la Junta de Gobierno se compondrá de siete miembros, Presidente, Vicepresidente, Tesorero, Secretario, Fiscal, Primer Vocal y Segundo Vocal,. Sus miembros durarán en funciones de dos años; se removerán por mitades y no podrán ser reelectos para el período inmediato o siguiente.

Las atribuciones que le corresponden a la Junta de Gobierno, según lo establece el artículo Nº 14, son las siguientes:

1. Desempeñar las funciones públicas que son propias del Colegio, en la forma que prescribe el reglamento.
2. Nombrar y remover empleados del Colegio.
3. Conocer las solicitudes de permisos por ausencia del país o por  enfermedades de los miembros de la Junta de Gobierno y nombrar interinamente el vocal respectivo, de acuerdo con el reglamento.
4. En caso de renuncia o suspensión de un miembro de la Junta de Gobierno, ésta convocará a la Asamblea General para conocer de ella y si fuere del caso, nombrar el sustituto. En caso de muerte de un miembro de la Junta de Gobierno se procederá de la misma forma.
5. Conocer, en primer término, de las quejas contra miembros del Colegio en ejercicio de la profesión y aplicar las sanciones disciplinarias.
6. Administrar los fondos del Colegio.
7. Convocar extraordinariamente la Asamblea General.
8. Evacuar las consultas.
9. Demás funciones que establezca la ley y su reglamento.

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